近日，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院飼料研究所水產(chǎn)微生物與飼料創(chuàng)新團隊構(gòu)建了首個草魚腸道微生物基因目錄，并解析了草魚腸道微生物組的主要互作模式和功能特征，為魚類腸道菌群調(diào)控提供了理論基礎(chǔ)。相關(guān)研究成果發(fā)表在《微生物組（Microbiome）》上。
共生微生物可調(diào)節(jié)養(yǎng)殖魚類的生長和健康性狀，目前對魚類腸道微生物基因組的了解較少。該研究利用宏基因組學(xué)技術(shù)，構(gòu)建了草魚腸道微生物的非冗余基因目錄 (57.6萬個基因)，并對基因目錄進行了系統(tǒng)的分類和功能注釋。研究發(fā)現(xiàn)，草魚腸道微生物存在兩個功能群，二者在生態(tài)學(xué)上表現(xiàn)為互斥模式，并在與宿主互作方面存在顯著差異。進一步發(fā)現(xiàn)，兩個功能群在碳水化合物利用、毒力因子和抗生素耐藥性基因方面均表現(xiàn)出顯著的遺傳能力差異。研究發(fā)現(xiàn)功能群2與功能群1的比值能夠有效反映不同飲食下草魚的腸道微生物群結(jié)構(gòu)及功能特征，該比值可作為評估魚類腸道菌群穩(wěn)態(tài)的指標。該研究豐富了魚類腸道微生物的基因目錄資源，揭示了魚類腸道菌群主要門類的功能特征，并提出了腸道菌群調(diào)控的潛在靶標。
該研究得到國家自然科學(xué)基金和中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技創(chuàng)新工程的資助。（通訊員：高鴿）
https://doi.org/10.1186/s40168-023-01715-7
