梅山豬 中國農科院北京畜牧所供圖
亞洲豬X染色體上存在的特有結構變異熱點 中國農科院北京畜牧所供圖
近日，中國農業(yè)科學院北京畜牧獸醫(yī)研究所動物基因工程與種質創(chuàng)新科技創(chuàng)新團隊聯(lián)合北京相關生物企業(yè)等單位成功繪制了梅山豬高質量基因組圖譜。該圖譜是迄今為止精度最高的亞洲豬基因組圖譜，為我國地方豬種質資源保護和開發(fā)利用奠定了基礎。相關成果發(fā)表于《分子生態(tài)資源》（Molecular Ecology Resources）。
據(jù)項目負責人周榮博士介紹，我國地方豬種具有肉質好、抗逆性強、耐粗飼等特點，是生豬種業(yè)持續(xù)創(chuàng)新和實現(xiàn)種源自主可控的良好素材。
國內外學者針對我國地方豬種的抗病力、繁殖性能等重要經濟性狀的遺傳機制開展了大量研究，產生了海量重測序、轉錄組數(shù)據(jù)。
分析研究這些數(shù)據(jù)需要與參考基因組進行比對，但目前豬功能基因組學研究大多利用西方豬種杜洛克的基因組序列，這在一定程度上限制了對亞洲家豬的基因組學研究。
研究人員成功繪制了我國地方品種梅山豬的高質量基因組圖譜，contig N50和scaffold N50分別達到48.05 Mb和138.97 Mb，基因組大小為2.51Gb，共注釋到22074個編碼基因，是目前完整度最高、連續(xù)性最強的亞洲豬基因組圖譜。
研究人員對梅山豬和杜洛克豬的基因組進行了比較分析，發(fā)現(xiàn)梅山豬基因組共存在49103個結構變異，其中4.02%是亞洲豬特有的結構變異。
研究還發(fā)現(xiàn)亞洲豬X染色體上存在一個30 Mb的特有結構變異熱點，該熱點富集了與亞洲豬脂肪沉積、高繁殖力等特異性表型相關的基因。
該研究得到國家自然科學基金重點項目、國家重點研發(fā)計劃等項目的支持。
相關論文信息：https://doi.org/10.1111/1755-0998.13396
